Petite région entourée d’eau, Charlottetown est constamment refroidie par l’océan Atlantique. La ville bénéficie d’étés agréables et doux avec une température moyenne de l’air située entre 15 et 24 °C. Elle connaît également des hivers froids et enneigés avec des températures de l’air oscillant entre -3 °C et -10 °C.
En moyenne, Charlottetown enregistre environ 100 mm de précipitations par mois, avec des quantités de précipitations légèrement plus élevées au cours des mois d’été.